Самый кризисный период в истории Архангельской спортивной школы пришелся на 1990-е годы. В это время после распада Советского Союза многие государственные учреждения, включая спортивные школы, столкнулись с серьезными финансовыми трудностями.
Государственное финансирование резко сократилось, что привело к дефициту средств на поддержание инфраструктуры, закупку инвентаря и оплату труда тренеров. Многим тренерам пришлось уйти из спорта из-за низких зарплат и отсутствия перспектив, что создало кадровый кризис. Также значительно сократилось количество учеников, так как в условиях экономической нестабильности многие семьи были вынуждены отказаться от занятий спортом.
Помимо финансовых трудностей, кризис затронул и организационную сторону: система подготовки спортсменов, которая строилась на протяжении десятилетий, начала разрушаться. Традиционные связи с другими спортивными школами и организациями оказались нарушены, что осложнило участие в соревнованиях и обмен опытом.
Однако, несмотря на трудности, школа смогла пережить этот кризисный период, сохранив свои основные секции и продолжив работу благодаря усилиям оставшихся тренеров и поддержке энтузиастов. Постепенно ситуация начала улучшаться с началом 2000-х годов, когда экономика стабилизировалась, а спорт вновь стал получать поддержку на государственном уровне.